Bei der sogenannten Kleinunternehmerregelung gemäß § 19 UstG wird auf die entstehenden Umsätze (d.h. alle Einnahmen ohne Abzug jeglicher Aufwendungen), also z.B. auf den verkauften Strom an den Netzbetreiber, keine Umsatzsteuer erhoben. Eine wesentliche Voraussetzung für diese Besteuerungsform ist die folgende: Umsätze dürfen im Gründungsjahr die Grenze von EUR 22.000 (vgl. § 19 Abs. 1 UstG) und im Folgejahr die Grenze von EUR 50.000 nicht überschreiten. Zu beachten ist, dass hierfür die Umsätze aller selbstständigen und gewerblichen Tätigkeiten aufsummiert betrachtet werden. Rechnungen bzw. Gutschriften der Netzbetreiber dürfen zudem nicht mit Umsatzsteuer ausgewiesen werden, da ansonsten die Umsatzsteuer gegenüber dem Finanzamt geschuldet wird.

Außerdem ist es in der Kleinunternehmerregelung nicht möglich, einen Vorsteuerabzug (z.B. bzgl. der Anschaffung, Wartung oder Reparatur der Anlage) anzusetzen. Das konnte in der Vergangenheit einen finanziellen Nachteil für den Anlagenbetreiber darstellen, weshalb viele Anlagenbetreiber auf die Anwendung der Kleinunternehmerregelung verzichtet haben. Durch den Nullsteuersatz bei der Lieferung der PV-Anlage müssen Anlagenbetreiber, auf die der Nullsteuersatz zutrifft, zukünftig nicht mehr auf die Nutzung der Regelung verzichten.  

Photovoltaik-Anlagen mit einer installierten Bruttoleistung von bis zu 30 Kilowatt (peak) auf, an oder in Einfamilienhäusern oder nicht Wohnzwecken dienenden Gebäuden unterliegen rückwirkend ab dem 01.01.2022 nicht der Einkommensteuerpflicht (§ 3 Nr. 72 EStG). Diese Steuerfreiheit gilt für kleine PV-Anlagen automatisch, somit ist kein Antrag auf Liebhabereibetrieb beim Finanzamt mehr notwendig. Ebenso gilt die Befreiung von der Einkommenssteuer auf, an oder in sonstigen Gebäuden für PV-Anlagen mit einer installierten Bruttoleistung von bis zu 15 Kilowatt (peak) je Wohn- und Gewerbeeinheit mit überwiegender Wohnnutzung. Insgesamt sind jedoch höchstens 100 Kilowatt (peak) pro Steuerpflichtigen oder Mitunternehmerschaft einkommenssteuerfrei.

Anlagen, deren Leistung diesen Schwellenwert übersteigt, sind jedoch einkommen-steuerpflichtig. In diesen Fällen muss für die Einkommensteuererklärung der Einnahmen-Überschuss aus dem Betrieb einer Photovoltaik-Anlage ermittelt werden. Die Einnahmen-Überschuss-Rechnung muss dabei die Einnahmen (Vergütung mit der Einspeisevergütung und anzusetzender Wert für den eigenverbrauchten Strom) sowie die Kosten des Betriebs enthalten. Die Kosten des Betriebs umfassen neben den laufenden Betriebskosten, wie z.B. Reparatur, Wartung oder auch Versicherungs- und Stromzählerkosten, die Anschaffungskosten der Anlage. Diese sind über die Nutzungsdauer der Anlage von 20 Jahren zu verteilen und abzuschreiben.

(u.U. sinnvoll ab 30 kWp bzw. bei PV-Anlagen, die nicht auf oder in der Nähe von Privatwohnungen, Wohnungen sowie öffentlichen Gebäuden, die für dem Gemeinwohl dienende Tätigkeiten genutzt werden)

Bei jener Besteuerungsform fällt auf die Umsätze des Anlagenbetreibers Umsatzsteuer an, d.h. der erzeugte und verkaufte Strom an den Netzbetreiber wird mit dem jeweiligen Umsatzsteuersatz belastet. Außerdem wird ebenfalls der erzeugte und selbstverbrauchte Strom mit der Umsatzsteuer belastet. Vorteilhaft an dieser Besteuerungsform kann sein, dass ein Vorsteuerabzug geltend gemacht werden kann. Hier können also die Ausgaben für die Anschaffung oder auch Wartung der Anlage angesetzt werden. Der Vorsteuerabzug mindert dementsprechend die zu zahlende Umsatzsteuer. Hierfür ist durch den Anlagenbetreiber jedoch eine Umsatzsteuererklärung abzugeben. Diese inkludiert auch eine Umsatzsteuer-Voranmeldung, die im Jahr sowie dem darauffolgenden Jahr der Inbetriebnahme jeweils zum 10. jeden Monats abgegeben werden muss. Im dritten Jahr erfolgt dann – unter Voraussetzung einer jährlichen Umsatzsteuer-Zahllast von bis zu EUR 1.000 – die jährliche Abgabe der Umsatzsteuererklärung. Deshalb kann der Verwaltungsaufwand bei der Regelbesteuerung im Vergleich zur Kleinunternehmerregelung erhöht ausfallen.

Es besteht die Möglichkeit, von der Regelbesteuerung zur Kleinunternehmerregelung zu wechseln. Ein jener Wechsel kann in bestimmten Situationen von finanziellem Vorteil sein. Es gelten hier jedoch strenge Regeln. So ist der Wechsel generell nur möglich, wenn der Anlagenbetreiber nicht noch anderweitig selbständig ist und somit keine umsatzsteuerpflichtigen Einkünfte erzielt. Ferner müssen, um in die Kleinunternehmer-regelung zu „wechseln“, mindestens fünf Jahre nach Inbetriebnahme der Anlage vergangen sein. So lange sind die Wartefristen, welche einzuhalten sind, um die anfängliche Vorsteuererstattung vollständig einbehalten zu können. Falls die Module jedoch als Gebäudebestandteil zählen (Integration in das Dach), sollte der Anlagenbetreiber elf Jahre nach Inbetriebnahme warten, um dann in die Kleinunternehmerregelung zu wechseln.